Resultado Proyecto

Genómica comparativa entre ganado bovino y ovino para identificación de la aquitectura genética de la adaptación al ambiente y parasitosis: validación en ganado frisón

Referencia: AGL16-77813-R. Organismo financiador: Ministerio de Economía y Competitividad (Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad). Cofinanciado por el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) . Importe: 133.100 €. Duración: 2016-2019.

Equipo investigador

Felix Goyache. SERIDA
Isabel Álvarez. SERIDA
Ramón A. Juste. SERIDA

Equipo de trabajo

Iván Fernández. SERIDA
Albert Soudré. INERA
Amadou Traoré. INERA
Lucia Perez Pardal. CIBIO-Universidade do Porto
Albano Beja-Pereira. CIBIO-Universidade do Porto
Vânia Costa. CIBIO/InBio,Universidade do Porto

Avance de resultados

Para la consecución del objetivo del proyecto se han estimado parámetros genéticos para la resistencia a nematodos gastrointestinales (Haemonchus contortus) en ganado ovino y se ha procedido a la identificación de áreas genómicas de interés para esos caracteres.

Se han genotipado 271 muestras de ADN provenientes de animales que han sido sometidos a un protocolo quasi experimental para evaluación de la resistencia a la infestación de nematodos gastrointestinales mediante una batería de 29 microsatélites para crear un pedigrí artificial que permitirá la aplicación de software ad-hoc sobre los registros de rendimiento disponibles para la estimación de parámetros genéticos y valores mejorantes para los siguientes caracteres: conteo de huevos en heces de Haemonchus contortus (lnFEC), valor hematocrito (PCV) y calificación FAffaMAlanCHArt® (FAMACHA). Se ajustaron tres modelos univariados, dos bivariantes y uno trivariante que utilizaron tanto el pedigrí artificial creado como la matriz de coascendencias moleculares entre individuos. El pedigrí artificial permitió recoger un mayor proporción de varianza genética aditiva. Las estimas de heredabilidad para lnFEC variaron entre 0,063 ± 0,037 y 0,173 ± 0,076; para PCV entre 0,073 ± 0,045 y 0,142 ± 0,084; y para FAMACHA entre 0,206 ± 0,070 y 0,343 ± 0,111. Las correlaciones genéticas entre lnFEC y FAMACHA fueron siempre significativas y variaron entre 0,548 ± 0,247 y 0,785 ± 0,242.

Los valores mejorantes estimados para lnFEC, PCV y FAMACHA mediante modelos univariantes con el pedigrí artificial se han utilizado como fenotipos para realizar estudios de asociación genómica. La muestras disponibles se han genotipado mediante el Chip de media densidad “Ovine 50 K SNP BeadChip” de Illumina y la metodología pseudo-bayesiana implementada en el software pLARmEB. Se ha identificado un conjunto de SNPs, distribuidos en 14 cromosomas ovinos (OAR) distintos, que explicaron el 21 % de la varianza fenotípica para lnFEC, el 19 % para PCV y el 34 % para FAMACHA. El único cromosoma ovino en el que se encontraron polimorfismos nucleotídicos con influencia estadísticamente significativa para los tres caracteres fue el OAR2. Asimismo, los análisis sugieren que los cromosomas ovinos OAR2, OAR3 y OAR6 pueden ser de especial importancia para el rendimiento de los animales para PCV, FAMACHA y lnFEC, respectivamente.

El análisis ha permitido confirmar la gran variabilidad existente entre estudios de asociación para caracteres relacionados con resistencia a parasitosis intestinales en ganado ovino. Este tipo de estudios, independientemente de que se realicen en condiciones de campo o con diseños experimentales o quasi experimementales, parecen estar fuertemente afectados por interacciones entre genotipo y ambiente de muy difícil ajuste. En ese sentido, la acumulación de información proveniente de nuevas poblaciones ovinas resulta de interés para la determinación de las bases genómicas de un carácter de gran importancia económica. El proyecto ha confirmado la existencia de dos áreas cromosómicas distantes en OAR2, consideradas desiertos genéticos con el presente grado de resolución del mapeado genómico ovino, de posible gran importancia para la determinación de la resistencia a parásitos intestinales en ganado ovino.